NieR: Automata cuenta la historia de los androides 2B, 9S y A2 y su batalla para recuperar la distopía de las máquinas, invadida por poderosas máquinas. La humanidad ha sido expulsada de la Tierra por seres mecánicos de otro mundo. En un último esfuerzo por recuperar el planeta, la resistencia humana envía una fuerza de soldados androides para destruir a los invasores. Ahora, la guerra entre las máquinas y los androides continúa… Una guerra que pronto podría desvelar una verdad del mundo largamente olvidada.